MRI 與神經束模型對齊

MRI 與神經束模型對齊

此流程適用於初步檢查神經束模型是否與 MRI 對齊,支援 .trk、.tck、.vtk、.stl、.obj 等常見神經束

MRI 與神經束必須來自同一個個案,或已經配準到同一個影像空間。Sim4Life 可讀取 MRI,但外部神經束模型是否能自動對齊,取決於該神經束檔案是否保留與 MRI 相同的 world/patient coordinate。

.trk、.tck 通常較有機會保留 tractography 座標資訊;.vtk、.stl、.obj 常見情況下只包含幾何座標,不一定包含 MRI affine/header。如果匯入後位置明顯偏移,建議回到原 tractography 軟體,以同一份 MRI/reference image 重新輸出。

1.開啟 Jupyter Scripter 和 Console

 

 

點選上方 View ,點選 Console 和 Scripter,新增一個新的  Script 頁面, 將附件中的 Python code 貼入頁面中

 

2.輸入檔案路徑與模型名稱

 

 

在程式中標註的地方輸入MRI影像和神經束檔案路徑,輸出路徑還需要包含檔案名稱跟副檔名

輸入完成點擊上方三角形 Run Scripter

 

3.查看輸出結果

 

 

執行程式後,即可確認輸出結果

在 3D View 中檢查神經束是否位於合理解剖位置

 

 

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