常见问题

Q.

【IMAnalyticsSuite】执行 IMAnalytics 的 Jupyter notebook 脚本时出现 ModuleNotFoundError 错误讯息

A.

讯息图标:

 

说明: 

无法找到模块的可能原因是 IMAnalytics 安装时损坏或是 Jupyter notebook 以不正确的方式启动,请从 IMAnalytics 的 GUI 启动 Jupyter notebook


 

Q.

【MUSAIK】使用 MUSAIK 将西门子 MR 扫描仪的数据转换成 .msk 文件格式时跳出错误讯息窗口

A.

讯息图标:


说明: 

MUSAIK 不支持 Siemens TWIX 新版的数据格式和版本(software Syngio MR E11),若要使用 MUSAIK 的数据转换器,请用 .raw 文件/旧的 TWIX 数据格式做转换,或是自行在 Matlab 编写数据格式转换的代码。

Q.

【建模工具使用】如何在 ViP 模型表面上使用 Surface Projection 工具或是放置 Working Coordinate System (WCS) 坐标平面?

A.

FILE | Preferences 点选 Modeling,在 Advanced 区块取消勾选 Disable Triangle Mesh Model Picking 后按 OK,再重新启动 Sim4Life 就可以坐标定位以及执行网格物件对 ViP 模型的表面投影


 

 

 

Q.

【求解器设定】如何设定在一台计算机中同时执行多个模拟(每一个模拟使用 1 个 GPU)?

A.

1. 确认 license 有足够的 solver token 和 GPU token (aXware 或 CUDA) 

2. 在求解器的 solver settings 中设定 Number of Gpus = 1


3. 在 Ares 接口设定 Resource management = Concurrent jobs


 

Q.

【求解器设定】鸟笼线圈(线模型)仿真出现无效参数值的讯息

A.

错误讯息:

ERROR: An aXware function call failed and reports: Invalid parameter value.: CustomHardSpatialExcitation time shifts must be within range [-8,300,000, 8,300,000]

 

说明:

自动化网格设定中出现非常细小的网格间距[最小步长(Min Step)有极小的数值],需要将 line source 的 grid 设定改为 Manual 并适当地调整最小步长,如下图所示:


 

 

Q.

Sim4Life 软件中启用并管理非标准(非数据中心专用)的 NVIDIA 显示卡(搭配使用 SPEAG CUDA 函式库)

A.

识别并使用非 Tesla 系列的 NVIDIA 显示适配器(如: GeForce 或 Quadro 游戏/工作站卡):

 

1. 硬件限制: 显示适配器必须至少为 Maxwell 世代以上,且 CUDA 运算能力(Compute Capability)需等于或高于 1.3

 

用户可以执行仿真,从仿真日志文件(Log)档案查看哪些装置可用。例如:

 

"""

LOG: The following GPUs have been found on the current machine: 

LOG: Device (0): Quadro 2000M, CUDA compute [...] 

LOG: Device (1): GeForce GTX 670, CUDA compute [...] 

LOG: Device (2): A100, CUDA compute [...] 

"""

 

2. 启用非标准显示适配器: 若系统未自动识别性能较强的显示适配器,需手动设定系统环境变量

  • 环境变量名称: SEMCADX_CUDA_ADDITIONAL_CARDS 
  • 设定值: 输入显示适配器名称(多张卡请用分号 ; 隔开)

 

环境变量设定范例: 

  • Windows 版本: SEMCADX_CUDA_ADDITIONAL_CARDS = GeForce GTX 670; A100
  • UNIX 版本: SEMCADX_CUDA_ADDITIONAL_CARDS = "GeForce GTX 670; A100"


环境变量设定图标:

 

3. 变更显示适配器优先级

  • 环境变量名称: SEMCADX_CUDA_DEVICE_ORDER 
  • 设定值: 依照仿真日志(Log)中显示的装置编号默认排列列表改变系统的默认顺序,例如: 1, 0, 2 

仿真日志文件(Log)范例:

 

"""

LOG: The following GPUs have been found on the current machine: 

LOG: Device (0): A100, CUDA compute [...] 

LOG: Device (1): GeForce RTX 3080, CUDA compute [...] 

LOG: Device (2): A100, CUDA compute [...] 

"""

 

环境变量设定图标:

 

4. 屏蔽/限制显示适配器使用

  • 环境变量名称: CUDA_VISIBLE_DEVICES
  • 设定值: 仅列出想要让软件看见的装置编号,例如: 1, 2

►在 ARES 窗口中的 System information settings 确认所显示的 GPU 讯息:

Q.

Sim4Life 软件中启用不包含在官方支持清单中的 NVIDIA CUDA 显示卡(搭配使用 Acceleware 函式库)

A.

1. 启用不支援的显示适配器: 

  • 环境变量名称: AX_USE_UNSUPPORTED_CARDS 
  • 设定值: 1 

 

2. 设定权限: 可设定在用户变量(仅该用户可用)系统环境变量(所有用户皆可使用加速)

 

3. 生效方式: 设定完成后必须重启系统(Reboot),以确保环境变量成功加载

 

4. HPC 装置控制: 在多显卡环境下,可使用 CUDA_VISIBLE_DEVICES 来控制要用于高效能运算(HPC)的装置

Q.

【模型下载与安装】在其他第三方模拟平台(如: CST, …)可以使用 ViP 人体模型吗?

A.

IT'IS 基金会有提供 4 个简化的 ViP V2.0 CAD 模型(Duke, Ella, Billie, Thelonious),针对任何第三方平台中的有限元素建模进行了优化。这些模型基于高分辨率的 V3-x 模型,但简化后仅包含 22 个独立的组织或组织组。除了具有性别特异性的生殖系统外,所有模型中的组织都是相同的。此外,Virtual Family 模型 V2.0 在几何上与 V3-x 基于相同的图像数据,但它们不保证与 V3-x 兼容。

Q.

【影像下载与前处理】Sim4Life 如何导入彩色图像(png、jpg、bmp、tif)?

A.

在 Sim4Life 上方工具栏选择 Imp/Export,选择要导入的彩色影像,然后在 Import Options 勾选 Preserve colors in GRB image 

 

[注] Sim4Lfe V7.2 无此选项,若要使用此功能请用 V7.0 以前的版本导入图像

Q.

【影像下载与前处理】教程范例 "Focused UltraSound Treatment of Anatomical Head" 中的 Visible Human CT datasets 下载连结已失效,是否有其他的 MR 影像可以使用?

A.

IT'IS 基金会有提供 IXI025 Model 数据库,可以到这个网址下载头部图像文件: https://github.com/ITISFoundation/IXI025

Q.

【求解器设定】在求解器分配材料参数时,无法联机至材料数据库

A.

此问题与文件夹路径中的中文(非 ASCII)字符有关,一个的解决方法是更改成没有中文字符的使用者名称。原厂在 Sim4Life V9.0 发布后已修复这个问题。   

 

请参考 V9.2 release note:

"""

4. List of Main Bugs (Selection) Fixed Since V9.0 Release 

- Case 110628: Sim4Life now correctly connects to the material database when the Windows username contains non-ASCII characters.

"""

Q.

【求解器设定】超声模拟中 Acoustic Radiation Force (ARF) 计算的数学框架

A.

Sim4Life ARF 的数学框架是基于论文 Modeling of the acoustic radiation force in elastography 中所提出的公式,详细的计算流程可参考论文的内容。

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