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【IMAnalyticsSuite】执行 IMAnalytics 的 Jupyter notebook 脚本时出现 ModuleNotFoundError 错误讯息
讯息图标:
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说明:
无法找到模块的可能原因是 IMAnalytics 安装时损坏或是 Jupyter notebook 以不正确的方式启动,请从 IMAnalytics 的 GUI 启动 Jupyter notebook
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【MUSAIK】使用 MUSAIK 将西门子 MR 扫描仪的数据转换成 .msk 文件格式时跳出错误讯息窗口
讯息图标:
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说明:
MUSAIK 不支持 Siemens TWIX 新版的数据格式和版本(software Syngio MR E11),若要使用 MUSAIK 的数据转换器,请用 .raw 文件/旧的 TWIX 数据格式做转换,或是自行在 Matlab 编写数据格式转换的代码。
【建模工具使用】如何在 ViP 模型表面上使用 Surface Projection 工具或是放置 Working Coordinate System (WCS) 坐标平面?
在 FILE | Preferences 点选 Modeling,在 Advanced 区块取消勾选 Disable Triangle Mesh Model Picking 后按 OK,再重新启动 Sim4Life 就可以坐标定位以及执行网格物件对 ViP 模型的表面投影
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【求解器设定】如何设定在一台计算机中同时执行多个模拟(每一个模拟使用 1 个 GPU)?
1. 确认 license 有足够的 solver token 和 GPU token (aXware 或 CUDA)
2. 在求解器的 solver settings 中设定 Number of Gpus = 1
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3. 在 Ares 接口设定 Resource management = Concurrent jobs
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【求解器设定】鸟笼线圈(线模型)仿真出现无效参数值的讯息
错误讯息:
ERROR: An aXware function call failed and reports: Invalid parameter value.: CustomHardSpatialExcitation time shifts must be within range [-8,300,000, 8,300,000]
说明:
自动化网格设定中出现非常细小的网格间距[最小步长(Min Step)有极小的数值],需要将 line source 的 grid 设定改为 Manual 并适当地调整最小步长,如下图所示:
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Sim4Life 软件中启用并管理非标准(非数据中心专用)的 NVIDIA 显示卡(搭配使用 SPEAG CUDA 函式库)
识别并使用非 Tesla 系列的 NVIDIA 显示适配器(如: GeForce 或 Quadro 游戏/工作站卡):
1. 硬件限制: 显示适配器必须至少为 Maxwell 世代以上,且 CUDA 运算能力(Compute Capability)需等于或高于 1.3
用户可以执行仿真,从仿真日志文件(Log)档案查看哪些装置可用。例如:
"""
LOG: The following GPUs have been found on the current machine:
LOG: Device (0): Quadro 2000M, CUDA compute [...]
LOG: Device (1): GeForce GTX 670, CUDA compute [...]
LOG: Device (2): A100, CUDA compute [...]
"""
2. 启用非标准显示适配器: 若系统未自动识别性能较强的显示适配器,需手动设定系统环境变量
环境变量设定范例:
环境变量设定图标:
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3. 变更显示适配器优先级
仿真日志文件(Log)范例:
"""
LOG: The following GPUs have been found on the current machine:
LOG: Device (0): A100, CUDA compute [...]
LOG: Device (1): GeForce RTX 3080, CUDA compute [...]
LOG: Device (2): A100, CUDA compute [...]
"""
环境变量设定图标:
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4. 屏蔽/限制显示适配器使用
Sim4Life 软件中启用不包含在官方支持清单中的 NVIDIA CUDA 显示卡(搭配使用 Acceleware 函式库)
1. 启用不支援的显示适配器:
2. 设定权限: 可设定在用户变量(仅该用户可用)或系统环境变量(所有用户皆可使用加速)
3. 生效方式: 设定完成后必须重启系统(Reboot),以确保环境变量成功加载
4. HPC 装置控制: 在多显卡环境下,可使用 CUDA_VISIBLE_DEVICES 来控制要用于高效能运算(HPC)的装置
【模型下载与安装】在其他第三方模拟平台(如: CST, …)可以使用 ViP 人体模型吗?
IT'IS 基金会有提供 4 个简化的 ViP V2.0 CAD 模型(Duke, Ella, Billie, Thelonious),针对任何第三方平台中的有限元素建模进行了优化。这些模型基于高分辨率的 V3-x 模型,但简化后仅包含 22 个独立的组织或组织组。除了具有性别特异性的生殖系统外,所有模型中的组织都是相同的。此外,Virtual Family 模型 V2.0 在几何上与 V3-x 基于相同的图像数据,但它们不保证与 V3-x 兼容。
【影像下载与前处理】Sim4Life 如何导入彩色图像(png、jpg、bmp、tif)?
在 Sim4Life 上方工具栏选择 Imp/Export,选择要导入的彩色影像,然后在 Import Options 勾选 Preserve colors in GRB image
[注] Sim4Lfe V7.2 无此选项,若要使用此功能请用 V7.0 以前的版本导入图像
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【影像下载与前处理】教程范例 "Focused UltraSound Treatment of Anatomical Head" 中的 Visible Human CT datasets 下载连结已失效,是否有其他的 MR 影像可以使用?
IT'IS 基金会有提供 IXI025 Model 数据库,可以到这个网址下载头部图像文件: https://github.com/ITISFoundation/IXI025
【求解器设定】在求解器分配材料参数时,无法联机至材料数据库
此问题与文件夹路径中的中文(非 ASCII)字符有关,一个的解决方法是更改成没有中文字符的使用者名称。原厂在 Sim4Life V9.0 发布后已修复这个问题。
请参考 V9.2 release note:
"""
4. List of Main Bugs (Selection) Fixed Since V9.0 Release
- Case 110628: Sim4Life now correctly connects to the material databa
"""
【求解器设定】超声模拟中 Acoustic Radiation Force (ARF) 计算的数学框架
Sim4Life ARF 的数学框架是基于论文 Modeling of the acoustic radiation force in elastography 中所提出的公式,详细的计算流程可参考论文的内容。